包装木箱虽然具有许多优点，如高压缩强度、弯曲强度、承受损害能力强、加工简单、可回收利用等，但也存在一些缺点。

​

自然资源的破坏：
包装木箱的主要材料是木材，其生产过程中需要进行相应的切割以获得木材，在当今资源匮乏的时代，这种生产方式无疑会对自然资源造成破坏，不利于环境保护。
重量和体积大，运输不便：
与其他轻质包装材料相比，木包装箱的重量和体积都相对较大，这增加了运输过程中的负担，可能导致运输成本上升，同时也可能限制了一些运输方式的选择。
成本较高：
由于木包装箱的材料成本较高，且加工过程中可能需要更多的劳动力和时间，因此其整体成本通常会比普通纸质包装盒等包装材料要高。
密封性差：
木包装箱由实木板锯拼而成，木条间存在缝隙，导致密封性较差，为了防雨，必须在内部应用油毡或塑料袋等额外措施，这增加了包装的复杂性和成本。
缓冲性能差：
木包装箱的箱板内外两面都是硬的，没有弹性，防震抗震能力相对较差，为了确保内装商品不受损坏，通常需要内填聚苯乙烯泡沫塑料、纸屑、棉纱等缓冲物，这增加了包装的成本和复杂性。
环保问题：
尽管木包装箱可以回收再利用，但在其生产过程中对自然资源的破坏以及回收处理过程中的能耗和排放问题也不容忽视，随着环保意识的提高，木包装箱在环保方面的劣势也逐渐显现。